Leuke onderzoeken bij Life Science; aardappelrasssen en gas uit de bioreactor.

Na zijn afstuderen werd Hanze alumnus Bio-informatica Ronald Wedema gevraagd om de onderzoeksgroep ALIFE, onder leiding van lector Jan-Peter Nap, te komen versterken. Dit was voor hem de ideale manier om op de hoogte te blijven van de nieuwste technieken en ontwikkelingen binnen de bio-informatica. 

Voor onderzoeksgroep ALIFE werkt Ronald drie dagen per week. Daarnaast is hij twee dagen per week praktijkdocent en studieloopbaanbegeleider van eerstejaars studenten Bio-informatica.

Onderzoek naar aardappelrassen

Binnen ALIFE is hij onder meer betrokken bij het analyseren van transcriptiedata van verschillende aardappelrassen (genen die aan staan). Hierbij is het vooral van belang te ontdekken wat de verschillen zijn tussen die rassen. Dit onderzoek zal moeten leiden tot een snelle screening van eigenschappen die gebruikt kunnen worden voor verdere kruisingen, zodat in de toekomst al van tevoren een voorspelling gemaakt kan worden over welke aardappelplanten gekruist moeten worden voor de gewenste eigenschappen.

Gas uit de bioreactor

Tevens werkt Ronald aan de analyse van sequentiedata die afkomstig zijn van bioreactoren. In dit onderzoek wordt met verschillende analysemethoden geprobeerd een zo goed mogelijk beeld te krijgen van de vele soorten in zo'n reactor. Verder wordt er onderzocht in welke biologische processen deze soorten betrokken zijn. De informatie kan gebruikt worden om van verschillende reactoren met bijvoorbeeld een andere voedingsbron de verschillende soorten te bepalen. Welke soorten zijn nu het meest actief op een bepaalde voedingsbron en welke samenstelling levert ons het meeste gas op?

Data afkomstig van een bioreactor bestaan uit genetisch materiaal van een groot aantal soorten, en zo'n dataset noemen we een metagenomicsset. Een van de problemen van deze metagenomicsdatasets is dat 80% of meer van de bacteriën in zo'n dataset onbekend is, omdat de meeste soorten niet afzonderlijk te kweken zijn. Hierin ligt de grote uitdaging voor bio-informatici, om desondanks een betrouwbare samenstelling met ook deze onbekende soorten erin te maken.

Beide onderzoeken zijn innovatief binnen de bio-informatica, en nieuwe artikelen en software verschijnen dagelijks. 

​Ronald Wedema