Werken aan een project van de European Space Agency.

Stageplek: Medische Microbiologie op de afdeling Research vh UMCG

Mijn interesse over bacteriën en andere micro-organismen is tijdens een practicum ontstaan. De bacterie is een klein 1 cellig organisme waar we veel van kunnen leren. De bacterie kan de mens helpen maar ook sterk tegen werken. Het is een soort van haatliefde verhouding. Daarom vind ik het een interessant beestje. De projecten waaraan men werkt vind ik ook erg interessant . Zodoende ben ik bij de afdeling Medische Microbiologie (MMB) van het UMCG gekomen.
Hier loop ik voor een periode van 10 maanden stage. De eerste 5 maanden loop ik stage en de laatste 5 maanden houd ik me bezig met afstuderen.

Ik neem deel aan een project van het European Space Agency (ESA). In dit project werken verschillende bedrijven en universiteiten samen. We houden we ons onder andere bezig met het ontwikkelen van moleculaire detectie methoden, hier vallen ook de SAMPLE experimenten onder. Op deze SAMPLE experimenten worden de detectiemethoden toegepast.

Er zijn 5 Samples geweest, dit houdt in dat er 5 keer monsters zijn genomen in het ISS, van zowel de omgeving als van cosmonauten. Het gaat hier om bacteriële monsters. Aan 1 van de SAMPLE experimenten heeft ondermeer Andre Kuipers gewerkt. De missie waar Andre Kuipers heeft gewerkt wordt de DELTA missie genoemd. De monsters van de cosmonauten zijn op 3 verschillende tijdstippen genomen: voor, tijdens en na de vlucht. Deze monsters worden volgens verschillende methoden geanalyseerd.

Doel van de analyse

Ik houd me bezig met het analyseren van de SAMPLE monsters met behulp van de DGGE detectie methode. Voordat er een DGGE ingezet wordt moet er een PCR (Poly Chain Reaction) worden ingezet. Dit is nodig om DNA te vermenigvuldigen. DGGE (denaturation gel gradient electroforese) is een techniek dat DNA fragmenten kan scheiden op basis van het GC gehalte met behulp van een electrische spanning in een gel met een gradiënt. In dit geval wordt het DNA van verschillende bacteriën gescheiden.

Met deze methode worden de monsters geanalyseerd en wordt er bekeken of er verschillen te zien zijn tussen de verschillende tijdstippen. Interessant verkregen bandjes op de DGGE gel worden uitgesneden en Gesequenced. Sequence is een techniek die de basen volgorde van het DNA kan bepalen. Zodat deze kan worden vergeleken met een databank en de juiste bacteriesoort bepaald kan worden. We hopen met deze techniek om verschillen te kunnen aantonen.

Rienk Roskam