Een kijkje in de les

Communiceren met Python

Bio-informatica verbindt de werelden van biomedici, biochemici en ict'ers. Schier onbegrijpelijk voor leken. Tijdens een practicum licht docent Sven Warris een tipje van de sluier.

Twintig over acht. Vanuit de kille novemberochtend druppelen studenten het bio-informaticalokaal binnen. Het practicum begint om half negen, maar zo'n twintig koppies staren al ijverig naar de in clusters van drie opgestelde Linux-computers. Wandplaten met gecompliceerde diagrammen en koppen als Genome-wide MicroRNA prediction based on large-scale MFE calculation laten er geen twijfel over bestaan dat hier serious business wordt gedaan.

Het is het tweede Bio-informaticapracticum voor de eerstejaarsklas. Docent Sven Warris legt uit wat de komende negen weken op het program staat. 'We houden ons bezig met de energiehuishouding binnen de cel. We maken simulaties van de citroenzuurcyclus en het celmembraantransport van protonen.

Daarvoor gebruiken we het programma Cytoscape waarmee je biologische systemen in het lichaam kunt visualiseren. Het mooie van Cytoscape is dat je het kunt koppelen aan de programmeertaal Python waarmee jullie de afgelopen maanden bezig zijn geweest. Als je je Python-scripts communiceert met Cytoscape krijg je een animatie.' Warris zet de beamer aan en laat een zonnestelsel zien met een zon, een planeet en een ruimtevaartuig die allemaal in hun eigen baan bewegen. 'Heel makkelijk te maken met een simpel Python-scriptje.'

'Gaat het nu vooral om de theorie of om het programmeren?', vraagt Sharlie van der Heide. 'Je mag dieper ingaan op beide', antwoordt Warris. 'Als je je specialiseert in programmeren is het een goed idee om samen te werken met iemand die zich verdiept in de theorie, dan krijg je hele mooie simulaties.' 
Warris laat een simulatie zien van het celmembraantransport van protonen. 'Voordat jullie hiermee aan de slag kunnen, moet je Cytoscape en de plugin voor Python installeren en de manual bestuderen. Op het eind van iedere week wil ik van jullie een verslag zien. Zelf bekijk ik de verslaglegging voornamelijk om te zien of jullie op schema liggen. Jullie verslagdocent kijkt naar de punten en de komma's.'

'Onze core business is het ondersteunen van biomedici en biochemici bij hun onderzoek', vertelt Warris terwijl de studenten Cytoscape installeren 'Er is steeds meer vraag naar bio-informatici. Alle genen, of het nou aardappelgenen of mensengenen zijn, werken op dezelfde manier. Daardoor zijn onze studenten op heel veel plekken inzetbaar: in ziekenhuizen, dna-banken, plantveredelingsbedrijven of kankerinstituten. Ze kunnen overal ter wereld aan de slag met de tools die wij hier aanreiken.' Warris kan het weten. Enkele jaren geleden deed hij in Australië onderzoek naar de genen van dingo's.

Viktor Nijenhuis is verdiept in de digitale handleiding van Cytoscape en bekijkt een gigantische wirwar van lijnen die samenkomen bij talloze nodes, oftewel knooppunten. Hij zoomt in op een knooppunt. Nu staat er een rondje met P3. 'De knooppunten zijn proteïnen in het menselijk lichaam', legt hij uit. 'De lijnen zijn de verbindingen met andere proteïnes, daarvan zijn er meer dan duizend. Even kijken wat P3 doet.' Viktor vindt het antwoord op Wikipedia. 'Ah, hij onderdrukt tumoren. Interessant!' 'Mooi dat iedereen zo hard zit te werken' onderbreekt de docent. 'Maar het is tijd voor een korte pauze.'

Bron: Hanzemag 28 november 2012